Tháng 10 năm 1459, Lê Nghi Dân cùng viên chỉ huy sứ Lê Đắc Ninh, là người chỉ huy vệ binh làm nội ứng, cùng các thủ hạ tin cậy là Phạm Đồn, Phan Ban, Trần Lăng và hơn 100 quân ban đêm bắc thang chia làm ba đường vào cung cấm sát hại Lê Nhân Tông. Hôm sau, nhóm quân đó giết chết cả Hoàng thái hậu. Khi lên ngôi, Lê Nghi Dân có ban xuống tờ ngụy xá:
"[...]Thái hậu bắt giết cả đi để diệt khẩu. Cho nên từ đó đến giờ, hạn hán sâu bệnh liên tiếp xảy ra, tai dị luôn luôn xuất hiện, đói kém tràn lan, trăm họ cùng khốn. Diên Ninh tự biết mình không phải là con của tiên đế, hơn nữa lòng người ly tán, nên ngày mồng 3, tháng 10 năm nay, đã ra lệnh cho Trẫm lên thay ngôi báu.[...]
Khi một người sát hại vua cũ (tạo phản) để lên ngôi, cần tạo ra cái cớ để khẳng định tính chính danh của mình. Lê Nghi Dân đã bôi nhọ triều đại của Lê Nhân Tông bằng hai việc:
- Đời sống nhân dân Đại Việt dưới thời kỳ nhiếp chính của Nguyễn Thái hậu vô cùng khổ cực vì mất mùa, tai dị.
- Bôi nhọ tính chính danh của Lê Nhân Tông (nói rằng Nhân Tông không phải là con ruột của Thái Tông)



