Năm 1946, Doãn Quốc Sĩ lập gia đình với con gái nhà thơ Tú Mỡ (Hồ Trọng Hiếu) là bà Hồ Thị Thảo. Năm 1954, ông cùng gia đình di cư vào Nam.
Ông dạy học, là giáo sư trường Đại học Sư Phạm Sài Gòn, Đại học Văn Khoa Sài Gòn và viết văn, làm thơ. Ông du học tại Hoa Kỳ về ngành giáo dục và rồi trở về nước tiếp tục công việc giảng dạy cho đến năm 1975.

